lundi 22 mai 2017

Microbiote Intestinal et Santé



Plus la diversité bactérienne est importante plus saine est une personne, c'est-à-dire 
plus grand est le nombre d’espèces bactériennes abrité par le tractus intestinal, le mieux c’est.


Nous avons 10 fois plus de microbes que de cellules dans notre corps. Ce sont des milliards d’êtres vivants qui ont vécu avec notre corps au long de l’évolution et qui sont fondamentaux pour la vie et la santé. En fait, il n’y a pas moyen pour les humains à vivre sainement si ce n’est pas en symbiose avec des bactéries bénéfiques. Cet équilibre est appelé eubiotique.

Malgré leur grand nombre, ces clients ne prennent pas beaucoup d’espace car ils sont plus petits que nos cellules. Nous les trouvons hébergés sur la peau, les muqueuses et en particulier dans le tube intestinal humain, avec une nette prépondérance dans le gros intestin.

Plus de 40 milles espèces différentes de bactéries y habitent, regroupés principalement dans deux genres : des Firmicutes et des Bacteroidetes.

Le terme microbiome désigne le nombre total de micro-organismes et de leur matériel génétique et il est utilisé par opposition au terme microbiote, c'est-à-dire la population microbienne présente dans les différents écosystèmes du corps.

Microbiome


Le Microbiome humain est l’ensemble des génomes de tous les micro-organismes présents dans le corps humain. Selon leur code génétique ces bactéries nous aident à nous maintenir en bonne santé, mais elles peuvent aussi nous rendre malade. Des gènes qui, selon de récentes études, dépassent de 150 fois plus le code génétique humain.

Microbiote


Microbiote ou flore intestinale est l’ensemble des bactéries qui vit sur une base régulière dans l’intestin des humains et de nombreux animaux, en gardant une relation symbiotique tant de type commensal comme de mutualisme. La majorité de ce groupe de bactéries n’est pas nocive pour la santé,  et beaucoup sont bénéfiques en participant dans de nombreux processus physiologiques.

La flore intestinale, qui pèse jusqu’à 2 kg chez l’adulte et abrite 100'000 milliards de micro-organismes, est désormais perçue comme un organe à part entière, qui, comme le foie ou les reins, peut être source de maladies.

Le consensus international de scientifiques préfère s'en tenir au terme de microbiote intestinal: micro au sens microscopique, et bios signifiant vie.

Le microbiote intestinal est principalement localisé dans l'intestin grêle et le côlon – l'acidité gastrique rendant la paroi de l'estomac quasi stérile. Il est réparti entre la lumière du tube digestif et le biofilm protecteur que forme le mucus intestinal sur sa paroi intérieure (l’épithélium intestinal).



Le rôle du microbiote intestinal est de mieux en mieux connu. On sait désormais qu'il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. En conséquence, la dysbiose, c'est-à-dire l'altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale, est une piste sérieuse pour comprendre l'origine de certaines maladies, notamment celles sous-tendues par des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires. Cette thématique est devenue centrale pour la recherche biologique et médicale.

A l'instar de l'empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu : il est unique sur le plan qualitatif et quantitatif. Parmi les 160 espèces de bactéries que comporte en moyenne le microbiote d'un individu sain, une moitié est communément retrouvée d'un individu à l'autre. Il existerait d'ailleurs un socle commun de 15 à 20 espèces en charge des fonctions essentielles du microbiote. Bien que cela soit discuté, il semble que l'on puisse distinguer des groupes homogènes de population. Selon la nature des espèces qui prédominent dans leur microbiote, on distingue trois groupes – ou entérotypes – principaux : bacteroides, prevotella et clostridiales.

Les virus bactériens (qui infectent les bactéries) sont aussi très nombreux au sein du microbiote. Ils peuvent modifier le patrimoine génétique des bactéries intestinales ou son expression. Ainsi, le virome constitue sans doute une autre pièce dans le puzzle de la physiopathologie propre à la flore intestinale, tout comme le microbiote fongique qui regroupe levures et champignons.

Le propre corps exerce un contrôle de la prolifération des bactéries du microbiote  moyennant des mécanismes hépatiques qui exercent une fonction d’épuration et de prévention.

La disparition des espèces à la suite d’une alimentation inadéquate ou des médicaments ou des modifications dans la composition du microbiote intestinal, peuvent provoquer de nombreux troubles pour l’individu, telles que la colite ulcéreuse, le syndrome du côlon irritable, des troubles nutritionnels, carence en vitamines, etc. Par conséquent, le maintien d’une bonne alimentation, sans éléments toxiques est une des conditions qui permet l’équilibre des nombreuses fonctions du corps.




Fonctions du microbiote


Le microbiote intestinal assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments (notamment parmi les fibres alimentaires). Dans le même temps, ses micro-organismes ont de importantes fonctions :

* Dégradation de composés alimentaires (fibres, acides aminés…), qui seront fermentés pour certains dans le côlon par le microbiote, produisant des gaz et surtout des acides gras qui sont des nutriments pour les cellules de l’intestin, préservant l’intégrité de la muqueuse.

* Synthèse de vitamines du groupe B, de vitamine K.

* Protection contre la colonisation du tube digestif par des microbes pathogènes : c’est “l’effet barrière”. Le microbiote peut aussi dégrader des toxines.

* Développement et maturation du système immunitaire. Le système immunitaire intestinal abrite 60 à 70% de nos cellules immunitaires. Le microbiote est essentiel à la mise en place puis au fonctionnement  de l’immunité intestinale mais aussi générale.

* Physiologie intestinale et métabolisme. Sans microbiote, la physiologie du tube digestif n’atteint pas sa maturité. Récemment il a été montré qu’il intervient dans l’absorption des glucides et des lipides, dans le stockage des graisses, dans la régulation de l’appétit...

* Production de substances actives sur le cerveau. Le microbiote produit les mêmes neuromédiateurs que le cerveau ; il est impliqué dans le dialogue cerveau-intestin.

Pour une fonction intestinale normale, il est essentiel que les différents genres qui composent le microbiote intestinal – Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus, Clostridium Faecalibacterium etc. – se trouvent dans une certaine quantité, proportion et équilibre dynamique.

Un déséquilibre qualitatif et/ou quantitatif des micro-organismes intégrant le microbiote saprophyte normal, génère une dysbiose intestinale, donnant lieu à des dysfonctionnements.


Un écosystème unique formé dès la naissance


Le placenta. On a récemment découvert la présence d’un microbiome dans le placenta, cet organe qui assure la nutrition du fœtus pendant la grossesse. On croyait jusqu’à présent qu’en situation normale, les tissus qui le composent étaient stériles, totalement indemnes de colonisation bactérienne. Si on y trouvait des bactéries après la délivrance (expulsion du placenta après l’accouchement) c’est parce qu’il avait été contaminé lors du passage par la cavité vaginale de la maman, pensait-on. La plupart d’entre elles sont des bactéries typiques de l’intestin. Elles sont loin d’être toutes dangereuses et certaines fabriquent même des vitamines.

Le microbiote d'un individu se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale après un accouchement par voie basse, ou au contact des micro-organismes de l'environnement pour ceux nés par césarienne. La colonisation bactérienne a lieu de façon progressive, dans un ordre bien précis : les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier (bactéries aérobies : entérocoques, staphylocoques). En consommant l'oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent ensuite l'implantation de bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence de ce gaz (bactéries anaérobies : bactéroides, clostridium, bifidobacterium).

Sous l'influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d'hygiène, des traitements médicaux reçus et de l'environnement, la composition du microbiote intestinal va évoluer qualitativement et quantitativement pendant les premières années de vie. Ensuite, la composition qualitative et quantitative du microbiote reste assez stable. La fluctuation des hormones sexuelles – testostérone et estrogènes – pourra malgré tout avoir un impact sur sa composition. Des traitements médicaux, des modifications de l'hygiène de vie ou divers événements peuvent aussi modifier le microbiote, de façon plus ou moins durable. Par exemple, un traitement antibiotique réduit la qualité et la quantité du microbiote sur plusieurs jours à plusieurs semaines. Les espèces initiales sont capables de se rétablir en grande partie, mais des différences peuvent subsister. Des antibiothérapies répétées au cours de la vie pourraient ainsi induire une évolution progressive et définitive du microbiote, potentiellement délétère. Il semble cependant que nous ne soyons pas tous égaux face à ce risque : certains auraient un microbiote plus stable que d'autres, face à un même événement perturbateur.

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Recherche


La présence de micro-organismes dans l'intestin est connue depuis plus d'un siècle et on a vite présupposé qu'il existait une véritable symbiose entre notre organisme et cette flore. Mais, jusque récemment, les moyens techniques permettant d’étudier les détails de cette interaction étaient limités : seule une minorité d'espèces bactériennes du microbiote pouvait être cultivée in vitro. La mise au point des techniques de séquençage haut débit du matériel génétique ont donné un nouvel élan à cette recherche et il existe aujourd’hui un réel engouement de la recherche pour décrire la nature des interactions hôte-microbiote, celles des micro-organismes entre eux, et leur incidence en matière de santé.

Des études de plus en plus nombreuses suggèrent une relation à double sens entre l’intestin ou précisément le microbiome intestinal et le cerveau et ses pathologies neuro-dégénérescentes.

Les nouvelles connaissances sur la relation bidirectionnelle entre le microbiote intestinal et le cerveau, appelée “l’axe microbiote-intestin-cerveau”, ont commencé à décortiquer les mécanismes de cette relation entre les processus infectieux et les maladies neuro-dégénératives du système nerveux central. Comme c’est le cas avec la maladie de Parkinson, l’autisme et la maladie d’Alzheimer, entre autres, cette relation a déjà des répercussions dans leur diagnostic et leur traitement.


Découverte d’une relation directe entre la flore intestinale et la santé mentale

Des chercheurs de l’Université de Saragosse (Espagne) et Exeter (Royaume-Uni), selon une étude publiée dans la revue scientifique Plos One en janvier 2017, ont découvert que l’utilisation d’antibiotiques contribue à la dépression.

Le recherches, menées avec des cellules et vérifiées sur des souris, ont montré comment l’activation de la protéine TLR2, un type de cellule réceptrice du système immunitaire qui tient compte des changements dans la quantité et la qualité de la flore intestinale, module le transport de la sérotonine, un des mécanismes essentiels dans les maladies neurologiques et inflammatoires de l’intestin.

Les TLR2 contribuent non seulement à réguler l’équilibre bactérien, mais son activation réduit le transport de la sérotonine – un neurotransmetteur important dans un large éventail de maladies, de la dépression aux maladies inflammatoires de l’intestin – dans le corps et qui a donc une conséquence directe sur le cerveau.

La découverte par ce groupe de chercheurs s’est produite à un moment où les scientifiques du monde entier étudient les interactions complexes entre le “monde invisible” du microbiote dans le corps humain et l’impact qu’elles ont sur notre santé et même sur notre état d’esprit.


Le microbiote intestinal aurait une influence dans le développement de l’Alzheimer

Des chercheurs de l’Université de Chicago dans une étude publiée dans Scientific Reports en juillet 2016, suggèrent que la composition et la diversité des bactéries dans l’intestin jouent un rôle important dans la régulation de l’activité du système immunitaire qui influe sur la progression de la maladie d’Alzheimer. En modifiant le microbiome intestinal, certains antibiotiques peuvent freiner la progression de la maladie.

L’étude, menée chez la souris, suggère qu’un traitement antibiotique à long terme réduit les taux de plaques amyloïde et réduit la neuro-inflammation des cellules microgliales. Cependant, les antibiotiques entraînent aussi des changements significatifs notables dans le microbiome intestinal, ce qui suggère, selon les chercheurs, que la composition et la diversité des communautés bactériennes de l’intestin joue un rôle important dans la régulation de l’activité du système immunitaire, ce qui impacte aussi la progression de la maladie d’Alzheimer.

La recherche montre des effets de doses élevées d’antibiotiques à large spectre, données durant 5 à 6 mois, sur des souris modèles d’Alzheimer, sur 2 des principales caractéristiques de la maladie : le développement de plaques et d’agrégats de protéine ß-amyloïde dans le cerveau, et l’inflammation de la microglie, les cellules du cerveau qui exécutent des fonctions du système immunitaire dans le système nerveux central. La gravité de la neuro-inflammation influant sur le taux de déclin cognitif de la maladie.

Les chercheurs ne proposent pas d’opter pour un traitement antibiotique qui serait absurde pour toute une série de raisons. Cependant cette étude pousse à explorer plus loin, la voie de la flore microbienne intestinale pour mieux gérer les maladies neuro-dégénératives.

Ils doivent trouver des moyens d’intervenir dès que le patient présente les premiers signes cliniques, et comprendre comment les changements dans les bactéries intestinales affectent l’apparition ou la progression de la maladie, afin de développer un nouveau type de médecine personnalisée contre les démences.


Le microbiote intestinal lié à Alzheimer

Des chercheurs au Food for Health Science Centre de l’Université Lund et de l’Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, selon une étude publiée dans Scientific Reports en février 2017, apportent la preuve, chez l’animal, que certaines bactéries intestinales peuvent accélérer le développement de la maladie d’Alzheimer.

En étudiant des souris en bonne santé et modèles d’Alzheimer, les chercheurs constatent que les souris atteintes de la maladie d’Alzheimer ont un microbiote différent des souris qui sont en bonne santé. Chez des souris privées totalement de microbiote (de bactéries), ils constatent des niveaux beaucoup plus faibles de bêta-amyloïde dans le cerveau, ces protéines qui forment ces agrégats typiques de la maladie d’Alzheimer.

Pour préciser le lien entre la flore intestinale et l’apparition de la maladie, les chercheurs transfèrent des bactéries intestinales de souris malades vers des souris sans germes et montrent que les souris greffées développent alors plus de plaques bêta-amyloïdes dans le cerveau.

Cette étude démontre, pour la première fois un lien de causalité direct entre les bactéries intestinales et la maladie d’Alzheimer. Les résultats suggèrent qu’il existe peut-être des moyens, via le microbiote, de prévenir la maladie ou de retarder son apparition.


Implication du microbiote dans la maladie de Parkinson

Des scientifiques du California Institute of Technology évoquent, dans une étude publiée dans Cell en décembre 2016, que la maladie de Parkinson peut trouver son origine dans l'intestin en raison des bactéries qu'il contient et non uniquement dans le cerveau.

Des expériences de transplantation fécale chez la souris ont pu montrer que des altérations dans le microbiote intestinal représentaient un facteur de risque pour la maladie de Parkinson. Les symptômes retrouvés chez les patients semblent être associés à un changement dans la composition de leur microbiote : des souches bactériennes (Lachnospiraceae, Rikenellaceae, Peptostreptococcaceae et Butyricicoccus) sont faiblement présentes chez les patients atteints comparé aux patients sains.

Les chercheurs ont émis l'hypothèse que les bactéries de l'intestin contribuent à la survenue de la maladie de Parkinson. Pour confirmer cette idée, ils ont utilisé des souris qui produisaient en trop grande quantité une protéine appelée alpha-synucléine (αSyn), l'une des caractéristiques de la maladie de Parkinson, et en présentaient des symptômes.

Les souris étaient génétiquement identiques, les deux groupes produisaient trop d'αSyn. La seule différence était la présence ou l'absence de microbiome intestinal. Une fois qu'on a retiré le microbiome, les souris avaient des capacités motrices normales, même avec la surproduction d'αSyn.

Dans la seconde partie de leur expérience, les chercheurs ont greffé des échantillons de microbiote de patients atteints de maladie de Parkinson et de personnes en bonne santé chez deux groupes de souris exemptes de germes. Ils ont remarqué que les souris qui ont reçu les premiers échantillons ont commencé à présenter des symptômes de cette pathologie, contrairement aux souris qui hébergeaient les bactéries intestinales de personnes en bonne santé.

Ils ont également découvert que lorsque les bactéries intestinales décomposent les fibres alimentaires, elles produisent des molécules appelées acides gras à chaînes courtes. Des substances qui pourraient dans certains cas favoriser une inflammation au niveau du cerveau et provoquer des dysfonctionnements des neurones.

La maladie de Parkinson est causée par l’accumulation dans les neurones anormaux de la protéine synucléine-α, ce qui provoque des effets particulièrement toxiques sur les cellules qui libèrent la dopamine dans les régions du cerveau contrôlant le mouvement.

Par conséquent, les patients ressentent des tremblements, rigidité musculaire, lenteur des mouvements et la marche avec des facultés affaiblies. Les traitements actuels se concentrent sur l’augmentation des niveaux de dopamine dans le cerveau, mais ces traitements peuvent causer des effets secondaires graves et souvent perdre l’efficacité au fil du temps.

Si d'autres études doivent être menées sur le sujet, les chercheurs estiment que le microbiote pourrait être utilisé comme un biomarqueur pour identifier les patients à risque et faire l'objet d'une nouvelle approche pour traiter en amont la maladie de Parkinson.


Parkinson et microbiote : L'alpha-synucléine voyage du cerveau à l’intestin

Des chercheurs du German Center for Neurodegenerative Diseases à Bonn, confirment dans une étude publiée dans Acta Neuropathologica en janvier 2017, que l'alpha-synucléine est bien capable de voyager, dans le sens opposé, soit du cerveau à l'intestin.

L'alpha-synucléine se trouve naturellement dans le système nerveux, où elle joue un rôle important dans la fonction synaptique. Cependant, dans la maladie de Parkinson, la démence à corps de Lewy et d'autres maladies neuro-dégénératives appelées “synucléinopathies”, la protéine s’accumule dans les neurones et forme des agrégats pathologiques.

L’équipe a testé cette hypothèse cerveau-intestin à l'aide d'un vecteur viral, permettant de déclencher la production d'alpha-synucléine humaine chez le rat. Le virus a transféré le modèle du gène de l'alpha-synucléine humaine spécifiquement dans les neurones du mésencéphale, qui a ensuite commencé à produire de grandes quantités de la protéine, comme dans la maladie de Parkinson. L'analyse des tissus révèle que, après s’être exprimée dans le cerveau, la protéine atteint les terminaisons nerveuses de la paroi gastrique. Puis les chercheurs identifient la voie précise suivie par l'alpha-synucléine pour ce voyage du cerveau à l'estomac.

L'alpha-synucléine est capable de voyager assez loin dans le corps, passant d'un neurone à l'autre et en utilisant de longues fibres nerveuses comme guides. Cependant si elle est bien détectée à l'extérieur du cerveau, cela ne signifie pas nécessairement que c’est là que la maladie a commencé, soulignent les chercheurs.


Le second génome de l'homme


Déchiffrer le génome et la fonctionnalité des bactéries qui se trouvent dans le tractus intestinal permettra d’établir une flore intestinale “normale”. Une fois que nous sachions ce qui est normal dans l’intestin, nous pourrons commencer à établir les différences qui existent dans la flore intestinale chez les individus malades. Nous pourrons développer des outils génétiques moléculaires permettant de mesurer le nombre de bactéries, leurs fonctions dans l’intestin et les implications pour la santé et le développement des maladies, et cela facilitera l’étude de la variation de la flore intestinale humaine.

Pour caractériser l'ensemble de ce "génome-bis" qu'abrite notre corps, deux projets ont vu le jour de part et d'autre de l'Atlantique : en Europe, c'est le projet MetaHIT, pour Metagenomics of the Human Intestinal Tract, coordonné par Dusko Ehrlich, de l'unité génétique microbienne de l'INRA, et aux Etats-Unis, le projet s'intitule Human Microbiome Project.

Mieux connaitre le microbiote permettrait d'accroitre nos connaissances sur les mécanismes à l'œuvre dans de nombreuses pathologies comme l'obésité, maladies inflammations chroniques, etc. Leur compréhension ouvrirait alors de nouvelles perspectives thérapeutiques.


Projet sur le Microbiome Humain (HMP)

C’est un gigantesque projet de recherche lancé en 2007 aux Etats-Unis par les National Institutes of Health. Plusieurs équipes belges y participent. Son objectif est de déchiffrer la séquence génomique de tous les micro-organismes vivant habituellement dans notre corps et à sa surface et de comprendre leur interaction avec la santé et les maladies de l’homme. Les bactéries incluses dans le microbiote intestinal sont une partie clé des recherches du HMP.

Alors que la notion de l’existence de micro-organismes qui vivent en nous n’est pas récente, Anton van Leeuwenhoek l’un des premiers scientifiques qu’il y a plus de 300 ans a observé le microbiote dans sa propre bouche, c’est à notre époque que la technologie de séquençage massif a permis sa caractérisation basé sur son génome.

Elie Metchnikoff a été parmi les premiers scientifiques à parler du microbiote intestinal (ou flore intestinale) qu'il a défini comme étant un arrangement intestinal complexe ouvrant sur un lieu de reproduction de microbes toxiques. Dans un article publié en janvier 1908, Metchnikoff précisait qu’il était possible de lutter contre la putréfaction qui se déroule dans ce lieu, notamment par l’alimentation ou l’hygiène et ainsi, d’augmenter ses chances d'atteindre une vieillesse saine et vigoureuse. Aujourd'hui, ce qui se passe dans l'intestin représente un domaine florissant pour la science dans le monde entier.

Quant aux effets sur la santé, 15 projets ont été financés afin de démontrer les corrélations hypothétiques entre le microbiome et la santé et les maladies humaines. De “Alimentation, Facteurs génétiques, et microbiome intestinal dans la maladie de Crohn” au “rôle du microbiote intestinal dans la colite ulcéreuse”, entre autres. De plus, un Centre d’analyse des données et de coordination (DACC) a été créé comme entrepôt pour toutes les données du HMP.

Les applications du microbiote et microbiome sont d’un tel intérêt qu’en 2016, selon le Wall Street Journal, le secteur privé a investi plus de 600 millions dollars dans des entreprises liées à leur gestion, telles que Human longevity Inc., Indigo Agriculture Inc. ou Seres Therapeutics Inc., ce qui représente une augmentation de 400% par rapport à 2015. Plus important est la mise en application de toutes les connaissances sur le sujet, qui sont déjà utilisées pour la planification des missions spatiales qui mèneront l’humanité vers d’autres planètes potentiellement habitables.

Cartographie microbienne


Nous disposons maintenant de la plus grande cartographie microbienne qu’il soit. Grâce au HMP nous savons maintenant que nous n’avons pas besoin d’éliminer toutes les bactéries de notre organisme, et que bien au contraire, il faut en prendre soin.

La carte que les scientifiques ont établie, détaille le type de microbes que nous portons normalement et où ils résident : la peau, le nez, les intestins, le vagin… Une personne en bonne santé a, à peu près, 10.000 espèces de microbes à l’intérieur et sur elle, mais ce qui est intéressant, c’est que, alors que nous avons tous des bactéries, d’un individu à l’autre, elles ne sont pas toutes du même type. Ce qui a été découvert est que différentes personnes ont différentes sortes de bactéries dans un lieu donné du corps, mais toutes les variétés remplissent la même fonction en ce lieu.

Quelque 200 scientifiques et près de 80 centres de recherche ont travaillé de concert, pendant cinq ans, sur ce premier recensement pour répondre à ces questions en déchiffrant l’ADN de ces microbes, avec certaines méthodes identiques à celles utilisées pour décoder la génétique humaine.

Maintenant que les médecins ont cette carte de ce qui est “normal”, ils veulent commencer à l’utiliser pour étudier ce qui change quand nous sommes malade, ce qui pourrait conduire à de possibles traitements.

On peut voir cette carte sur ce lien :   Carte interactive du microbiome humain

Infographie


C’est une infographie originale de Perrin Ireland, journaliste scientifique et illustratrice, publiée dans Wags Revue. Ces images nous permettent de mieux comprendre les sujets abordés par le Projet sur le Microbiome Humain  et certaines de ses principales découvertes.

Outre une meilleure compréhension de l’évolution de l’ensemble des communautés bactériennes qui nous accompagnent depuis notre naissance, ces dessins nous apportent des informations intéressantes. Ils nous rappellent, par exemple, que les selles d’un adulte ne sont pas seulement composées de restes de nourriture, mais aussi et surtout de biomasse microbienne.

Nous pouvons découvrir cette infographie sur ce lien :  lien


Le projet MetaHIT (Metagenomics of the human intestinal tract)

Projet financé par la Commission européenne (entre 2008 et 2012) dans son septième programme-cadre. Son objectif principal était d’établir des corrélations entre les gènes du microbiote intestinal humain et l’état de santé (ou de maladie) de l’hôte qui héberge ce microbiote. Pour ce faire, les chercheurs se sont focalisés sur deux troubles de plus en plus fréquents en Europe : les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et l’obésité.

Les chercheurs du projet européen MetaHIT, coordonné par le centre de recherche de l’INRA de Jouy-en-Josas ont publié en Nature en mars 2010 le premier séquençage de l’ensemble des gènes des bactéries hébergées par le tube digestif humain, ou métagénome. Le projet MetaHIT a accompli son objectif, déchiffrer la caractérisation et la variabilité génétique de populations microbiennes vivant dans le tube digestif de l’homme : 10 milliards de bactéries ; 3.300.000 gènes différents traduits en 20.000 différentes fonctions, dont 5.000 étaient totalement inconnus jusqu'à présent.

Dans une nouvelle étude, le consortium de chercheurs montre que les individus se répartissent en trois groupes distincts, en fonction des microbes contenus dans leurs intestins, ceci de manière indépendante de l’origine géographique, de l’état de santé (surpoids ou maladies inflammatoires du tube digestif), du sexe, ou de l’âge de ces individus. Cette classification, comme celle des groupes sanguins, est spécifique des individus, ce qui a amené les chercheurs à utiliser la notion d’ “entérotypes”.

La première étape, après un an et demi depuis le début de l’étude a consisté à obtenir une carte microbienne et après ces premiers résultats, 98% de cette carte sont terminés. Il a également été commencé à déterminer la fonctionnalité des gènes des bactéries du tractus intestinal.

L’étape suivante consiste à mettre en place la fonctionnalité de ces gènes dans certaines pathologies où les bactéries influencent de façon décisive par son action sur la nutrition (obésité) et sur le système immunitaire (maladie inflammatoire de l’intestin). L’interaction et la symbiose entre l’humain et sa communauté bactérienne (flore intestinale) est très large et a une signification particulière dans divers aspects de sa physiologie, tels que la réponse immunitaire, le métabolisme des graisses, la production de nouveaux vaisseaux sanguins, etc.

Cette étude ouvre la voie à la recherche des différences dans la composition bactérienne des flores intestinales entre les individus sains et malades. La connaissance de cette classification des individus va désormais permettre de constituer des groupes homogènes, en vue des analyses comparatives, notamment sur les facteurs qui favorisent la survenue d’une obésité, d’un diabète, etc.

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La neuropsychiatrie sous l'influence de l'axe intestin-cerveau

Il existe plusieurs façons par lesquelles le microbiote intestinal peut affecter les fonctions du système nerveux central à différents niveaux. L’étude de la flore microbienne d’axe-intestin-cerveau permet d’expliquer comment le microbiote module le système immunitaire, le système gastro-intestinal et le système nerveux central.

Le concept d’axe intestin-cerveau datant de la fin du XIXe siècle et début du XXe siècle, est basé sur des observations de scientifiques tels que Darwin, Beaumont et Cannon. Récemment, avec la connaissance de l’importance du microbiote dans la promotion de la santé, l’axe a été étendue au microbiote-intestin-cerveau.

Le système nerveux qui régit l'intestin contient à lui seul 200 millions de neurones. Sa fonction première est d'assurer la motricité intestinale ; cependant, 80% de ces cellules nerveuses sont afférentes, c'est-à-dire qu'elles véhiculent l'information dans le sens intestin-cerveau. C'est la raison pour laquelle on qualifie le système nerveux entérique de deuxième cerveau. Les chercheurs ont très tôt posé l'hypothèse qu'une modification du microbiote pouvait modifier l'information transmise au système nerveux central. Plusieurs expériences cliniques ont été rapportées, comme celle d'une amélioration significative de symptômes autistiques par un traitement antibiotique. Si la corrélation semblait improbable il y a quelques années, elle est depuis considérée avec sérieux.

Le rôle du microbiote est évoqué dans de nombreuses maladies neuropsychiatriques : l'autisme, la schizophrénie, l'anxiété et la dépression ou les troubles bipolaires. Les arguments scientifiques sont encore insuffisants dans la plupart des cas, mais des éléments de preuve préliminaires ont été récemment publiés. Il viendrait s'ajouter aux nombreux facteurs – génétique, épigénétique, environnementaux, psychologiques… –, qui jouent eux aussi un rôle déterminant dans le déclenchement de telles maladies.

Chez les personnes atteintes de schizophrénie ou de troubles bipolaires, l'équilibre entre les différentes cytokines pro-inflammatoires ou anti-inflammatoires dans le sang est perturbé.

Dans l'autisme, il a aussi été montré que des souris pouvaient développer un comportement d'anxiété et une automutilation si la composition de leur microbiote était significativement modifiée durant une période précise de leur croissance. Les chercheurs posent l'hypothèse qu'un phénomène similaire surviendrait chez les enfants et favoriserait le développement de l'autisme.

Dernièrement, des études ont suggéré que le microbiote pouvait avoir un rôle déterminant dans les maladies neuro-dégénératives : il serait impliqué dans l'inflammation cérébrale de la maladie d'Alzheimer. La gravité des symptômes parkinsoniens est aussi corrélée à la concentration d'une espèce particulière (Entérobactericeae). Tous ces différents phénomènes pourraient être provoqués par des substances d'origine bactérienne neuro-active.

Comment la flore intestinale impacte notre cerveau


La neuroscience moderne obtient constamment des éléments de preuve concernant l’influence d’une bonne nutrition sur les fonctionnalités du système nerveux central (CNS). Des maladies comme la schizophrénie, la dépression, l’anxiété, les troubles du spectre autistique dépendent de plusieurs facteurs génétiques et environnementaux. Les bactéries du tractus gastro-intestinal représentent un de ces facteurs.

Un marqueur typique de la schizophrénie est un dysfonctionnement du système immunitaire dû à une augmentation des cytokines inflammatoires. Normalement, le microbiote régule la libération de cytokines pro- et anti-inflammatoires de l’intestin vers le reste du corps d’une manière équilibrée. Chez les sujets schizophrènes, il y a un déséquilibre favorable à des cytokines pro-inflammatoires qui, avec un effet indirect, affecte le fonctionnement du cerveau. En règle générale, une réduction des niveaux de BDNF (facteur neurotrophique dérivé du cerveau) est associée à des troubles cognitifs, schizophrénie et dépression.

La communication biochimique par l’intermédiaire de l’axe intestin-cerveau peut se résumer, à peu près dans le cycle suivant : la population microbienne de l’intestin produit et libère des substances chimiques (neurotransmetteurs, des acides gras à chaîne courte, du tryptophane, etc.) qui agissent au niveau du cerveau.

Thérapeutique


Les scientifiques soulignent l’importance de la microflore dans la régulation de certains processus du cerveau. De là, il semble très important de prendre soin de l’alimentation, car les aliments ingérés ont un effet direct sur la santé et la composition de notre flore intestinale.

Les perspectives thérapeutiques sont nombreuses : des études préliminaires ont montré que l'administration de certains probiotiques permettait d'améliorer les symptômes d'anxiété ou de dépression chez des personnes malades comme chez des personnes saines ; d'autres ont montré que l'adaptation du régime alimentaire pouvait améliorer le déclin cognitif. Ces pistes restent pour l'heure extrêmement précoces et demandent à être confirmées.

Les maladies déclenchées ou entretenues par une dysbiose pourraient être soignées par six moyens thérapeutiques différents :

* Une alimentation favorisant le développement des bactéries bénéfiques pour le système digestif.

* Un traitement antibiotique ciblant les espèces néfastes impliquées dans la physiopathologie de la maladie. Cette option ne peut cependant être envisagée comme un traitement chronique du fait de la pression de sélection qu'elle peut engendrer ; elle pourrait aussi induire de nouvelles pathologies.

* L'apport par voie orale de probiotiques, des micro-organismes vivants, non pathogènes et démontrés comme bénéfiques pour la flore intestinale.

* L'apport de prébiotiques, des composants alimentaires non digestibles, utiles à la croissance ou l'activité de certaines populations bactériennes intestinales.

* Les symbiotiques, qui combinent pré et probiotiques.

* La transplantation fécale, qui consiste à administrer une suspension bactérienne préparée à partir des selles d’un individu sain par sonde nasogastrique ou par lavement. Elle permet d'implanter un microbiote normal chez un patient malade.


La composition du microbiote intestinal affecte la santé des nourrissons

Le microbiote présent dans le lait maternel protège le bébé contre diverses maladies.

Pendant longtemps le lait maternel était considéré stérile – libre des micro-organismes –. Mais des études ultérieures ont montré qu'il contient beaucoup de bactéries. Un bébé qui prend environ 800 millilitres de lait par jour consomme entre cent mille et dix millions de bactéries. Celles-ci aident à protéger le bébé contre les infections et favorisent le développement de son système immunitaire. L’exposition des nourrissons à ces microorganismes diminue le risque de développer des maladies comme la diarrhée, les maladies respiratoires et métaboliques (diabète, obésité...).

Des découvertes plus récentes suggèrent que l’intestin maternel est à l’origine de certaines de ces bactéries contenues dans le lait. Ainsi, certaines cellules du système immunitaire de la mère – les cellules dendritiques – cueillent des microorganismes présents dans son intestin et le déplacent vers les glandes mammaires afin de les ajouter au lait.

Le lait maternel contient différents types de bactéries qui agissent comme probiotiques et exercent un effet anti-infectieux, anti-inflammatoire, immuno-modulateur et métabolique sur le bébé. Les études portent spécifiquement sur l’asthme et la dermatite atopique ; les bactéries du lait maternel améliorent et même préviennent ces maladies.

Le rôle essentiel du microbiote intestinal du nouveau-né


Le microbiote intestinal commence à se développer dès la naissance par la respiration, le contact physique avec l’entourage, l’allaitement puis l’alimentation, etc. Des microbiotes maternels (vaginal, intestinal, cutané) aux micro-organismes de l’environnement, l’enfant compose progressivement un microbiote diversifié qui atteint sa forme adulte vers l’âge de 2 à 3 ans.

Jusqu’à cet âge, de nouvelles colonies de micro-organismes s’installent le long du tube digestif. La majorité de ces micro-organismes sont essentiels pour le transit et la digestion, mais aussi pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Certains autres peuvent s’avérer nuisibles et participer à l’apparition de pathologies diverses comme le surpoids, les allergies, les maladies inflammatoires de l’intestin, etc.

Bien que le tube digestif soit généralement considéré comme étant stérile à la naissance, de récentes études scientifiques ont suggéré que le tube digestif de l’enfant serait colonisé par des micro-organismes présents dans l’environnement intra-utérin. Ce phénomène est appelé “colonisation prénatale”.


Les causes qui affectent la flore intestinale

La consommation d'antibiotiques

Les antibiotiques provoquent une diminution de la biodiversité de la flore en agissant sur les bactéries, les enzymes et les molécules qui le composent. Pendant le traitement avec des antibiotiques et après avoir terminé, les bactéries qui composent la flore intestinale voient modifiées leurs profils métaboliques, conduisant à assimiler moins de fer et produire moins des molécules essentielles. Bien que le pouvoir de modifier la flore dans un plus ou moindre degré dépend du type d’antibiotiques, ainsi que de la durée du traitement et la voie d'administration.

Les mauvaises habitudes alimentaires

Nos mauvaises habitudes alimentaires affectent également la flore intestinale si nous mangeons beaucoup de fast-food et abusons d’aliments transformés et raffinés, avec des protéines, sucres et graisses animales en excès, et si nous maintenons un déficit important des produits végétaux frais. Si en plus, nous abusons des boissons gazeuses.

Manque de fibres dans l'alimentation

Une autre cause qui affecte la flore intestinale est le manque de fibres dans notre alimentation parce que nous ne consommons pas assez de fibres alimentaires telles que les légumes, légumineuses, fruits, céréales et fruits secs. La fibre a une caractéristique prébiotique et maintient l’équilibre de micro-organismes bénéfiques dans nos intestins tandis qu'une mauvaise alimentation provoque des problèmes de transit intestinal.

Le stress et les problèmes émotionnels

Le stress de la vie quotidienne devient une autre cause qui affecte la flore intestinale, car il modifie la relation entre les bactéries et la muqueuse intestinale et aggrave les affections liées au système digestif telles que la gastrite. Par conséquent, il est essentiel  de ne pas manger debout ou trop vite et essayer de se détendre.

Le manque d'exercice

Le manque d'exercice physique affecte la flore intestinale. Nous oublions que la pratique de l'exercice physique sur une base régulière est un allié pour la qualité de notre flore intestinale. Ce serait assez 30 minutes d’exercice par jour pour favoriser le bon fonctionnement de notre flore intestinale.


Les conséquences d’un déséquilibre de la flore intestinale

Flore intestinale, stress et dépression

Les chercheurs se penchent aujourd’hui sur les liens possibles entre un déséquilibre de la flore intestinale ou dysbiose et certains troubles psychiques comme le stress ou la dépression.

Des études menées chez l’animal avancent la possibilité d’un rôle modérateur du microbiote intestinal sur le stress. Une atténuation ou une exacerbation du comportement anxieux face à une situation de stress ont, par exemple, été constatées chez certains animaux dépourvus de microbiote.

Des modifications de la composition du microbiote intestinal ont également été découvertes chez des rongeurs présentant un comportement de type dépressif.

Par ailleurs, des études pilotes comparant les microbiotes intestinaux d’enfants souffrant d’un trouble de spectre autistique à ceux d’enfants témoins rapportent des différences notables d’un point de vue bactériologique.

Ces résultats ouvrent la porte à de nouveaux outils de diagnostic pour identifier l’autisme mais restent préliminaires et nécessitent d’être confirmés.

Flore intestinale et maladies neuro-dégénératives

Une étude récente démontre une altération morphologique de la barrière épithéliale intestinale (et une potentielle dysbiose chez les patients atteints de la maladie de Parkinson.

En ce qui concerne la maladie d’Alzheimer, une étude démontre que des bactéries du microbiote intestinal ont la capacité de produire en quantité notable des peptides amyloïdes biologiquement similaires à ceux retrouvés dans le système nerveux central des malades.

Dans cette maladie, un double processus de dégénérescence et d’inflammation se développe dans le cerveau du patient. Deux types de lésions sont responsables de la perte des neurones du tissu cortical. Le premier est l’accumulation de la protéine β-amyloïde qui cause des plaques séniles à l’extérieur des neurones et induit leur dégradation. Le deuxième est la mort de la cellule nerveuse à la suite de l’accumulation de protéines dites neurofibrilles tau.

Face à ces processus pathologiques connus, les chercheurs pensent aujourd’hui que d’autres mécanismes peuvent exister. Selon eux, la flore intestinale, composée de bactéries et autres microorganismes tapissant naturellement les organes de notre tube digestif, pourraient avoir un rôle non négligeable dans le développement des maladies neuro-dégénératives. Si la théorie sur l’influence de la flore intestinale ou microbiote s’avère vraie, on peut alors imaginer que l’inflammation se développe avant le dépôt des protéines neurotoxiques et que c’est le facteur qui le déclenche, et non la réaction du cerveau face à ces protéines néfastes. Nous disposons désormais d’assez d’évidences montrant par exemple que dans une autre maladie neuro-dégénérative, la maladie de Parkinson, une altération dans le tube digestif est le premier facteur qui peut mener à la neuro-dégénérescence.


L’influence de l’alimentation sur le microbiote intestinal

La nourriture que nous consommons joue un rôle essentiel dans le maintien de la diversité et du fonctionnement correct de notre microbiote intestinal.

Le dicton nous sommes ce que nous mangeons” peut parfaitement s’appliquer au microbiote intestinal, étant donné que ce que nous consommons nourrit également les quelque cent-mille-milliards de bactéries logées dans notre système digestif. De ce fait, une alimentation variée et équilibrée s’avère essentielle.

Si vous vous nourrissez bien, votre intestin sera capable de fabriquer lui-même ses médicaments naturels comme le butyrate et l'acétate qui favorisent le développement des fonctions immunitaires, le propionate qui aide les poumons à lutter contre les inflammations liées aux allergies, et l’indole qui, associé à l'acétate, le butyrate et le propionate permettent de réguler la faim et donc le poids. Un microbiote équilibré va même libérer les fameux polyphénols si importants pour lutter contre l'oxydation.

Les bonnes bactéries contribuent à l'absorption, au niveau de la paroi du colon, des vitamines du groupe B, B1, B2, B3, B5, D6, B8,B9 et B12 ainsi que la vitamine K.

Les prébiotiques et les probiotiques sont deux des éléments les plus étudiés dans le domaine du microbiote intestinal. Ces deux substances sont réputées pour leurs effets bénéfiques sur le microbiote intestinal qui, à son tour, influence diverses fonctions de l’organisme telles que la digestion, ce qui explique que les spécialistes soulignent l’importance d’inclure autant les uns que les autres dans notre régime alimentaire, afin de promouvoir un microbiote sain.

On pourrait dire que le probiotique apporte la vie – bactéries viables – et le prébiotique assure la viabilité – nourrit les bactéries assurant leur survie –.

Prébiotiques


Le concept de prébiotiques, parfois dénommés fibres fermentables, fut introduit en 1995 par Gibson et Roberfroid. Ils les définirent comme les substances non digestibles de la nourriture qui induisent un effet physiologique bénéfique sur l’hôte en stimulant de manière sélective la croissance ou l’activité d’un nombre limité de bactéries autochtones bénéfiques pour la santé.

Les prébiotiques peuvent se trouver naturellement présents dans la nourriture ou y être rajoutés (produits fonctionnels). Ils sont présents de manière naturelle dans certains fruits et légumes. D’où leur importance pour une alimentation équilibrée.

Comme dans de nombreux autres domaines, l’équilibre et la variété sont deux facteurs clés au moment de consommer des produits prébiotiques. En effet, bien qu’une alimentation riche en fibre apporte de nombreux bénéfices aux bactéries intestinales, un excès de fibre pourrait néanmoins conduire à des gênes et des ballonnements intestinaux chez certaines personnes.

Les éléments prébiotiques dont nous avons besoin

Les amidons résistants


Ce sont des sucres complexes constitués de longues chaînes de glucose qui ne sont pas digérés dans l'intestin grêle, et qui arrivent intacts dans le colon constituant une bonne nourriture pour nos bactéries intestinales.

* On les trouve dans les céréales complètes : avoine, orge, riz, millet, sarrasin.
* Dans les légumineuses : pois, lentilles, pois chiches, haricots.
* Dans les tubercules comme les pommes de terre.
* Dans les fruits comme la banane.
* Dans les fruits à coques comme la châtaigne.

Ces amidons résistants permettent d'améliorer la sensibilité à l'insuline et contribuent à la perte de poids. Ce sont des coupe-faim naturels et ils nous protégeraient du risque de cancer colo-rectal.

Les fructanes


Ce sont des sucres lents complexes appelés fructo-oligosaccharides et les polysaccharides (inuline). Ils nous protégeraient du diabète en augmentant les bifido-bactéries qui permettent une meilleure tolérance au sucre, et un meilleur système immunitaire. Ils renforceraient l'étanchéité de notre paroi intestinale, réduiraient l'inflammation chronique et nous protégeraient également du risque de cancer colo-rectal.

* On les trouve dans les légumes tels que les asperges, les poireaux, les salsifis, les artichauts, l’ail, l'oignon.
* Dans les tubercules comme les topinambours.
* Dans la chicorée.
* Dans les fruits comme la banane, kaki, melon.
* Dans les céréales complètes comme le seigle, le blé et l’orge.

Les Béta-glucanes


C'est un sucre complexe constitué d’une longue chaine de glucose qui vous évite de sombrer dans le risque de l'insulino-résistance et le diabète et que l'on trouve essentiellement dans les parois des céréales comme l'avoine, l'orge, le sorgho et le seigle. Le béta-glucane nourrit le microbiote, fait baisser le cholestérol, diminue le sucre sanguin, diminue l'appétit et améliore la santé intestinale.

Les fibres


Elles sont indispensables pour la santé de notre intestin et pourtant elles ne peuvent être ni digérées ni absorbées par l'intestin grêle.

Il y a deux types de fibres : les solubles et les insolubles

Parmi les fibres solubles, qui se dissolvent dans l'eau, on trouve la pectine de la pomme, la gomme des haricots et des céréales et le bêta-glucane de l'avoine.
Parmi les fibres insolubles, on trouve la cellulose dans les légumes, les haricots etc.

Les aliments les plus riches en fibres sont :

* Les légumes comme les poireaux, les épinards, les choux, les carottes, les betteraves
* Les légumineuses comme les haricots, les lentilles, les fèves, les pois chiches, etc.
* Les fruits comme la framboise, pomme, poire.
* Les céréales complètes comme l'orge, l'avoine, et le seigle.
* Les fruits séchés comme la figue, les pruneaux, les raisins secs.
* Les fruits à coques comme les amandes, les noix, les noisettes, les graines de lin, etc.
* Les légumes à tubercules comme des topinambours et les pommes de terre.

Les fibres améliorent le transit intestinal, peuvent prévenir les maladies comme la diverticulose qui touche 30% des plus de 60 et 50% des plus de 70 ans. Elles protégeraient des maladies cardio-vasculaires, préviendraient les risques de diabète et de cancer colo-rectal.

Les polyphénols


Les polyphénols que l'on trouve dans de nombreux aliments naturels comme les fruits, les fruits à coques, les épices, les herbes, les aromates mais aussi les légumes, les légumineuses, les céréales complètes, le chocolat, contribuent à maintenir notre microbiote équilibré. C'est l'antioxydant haut-de-gamme par excellence. Ils luttent contre l'inflammation chronique, contre les infections, ils préviennent des risques cardio-vasculaires, entretiennent la santé de nos artères, nous protègent contre le diabète et l'insulino-résistance, et nous permettent de rester jeune plus longtemps.


Probiotiques


L’Organisation Mondiale de la Santé définit les probiotiques comme des microorganismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, produisent un bénéfice pour la santé de l’hôte.

Au cours de leur progression dans le système digestif, ces microorganismes résistent partiellement au processus de la digestion. Ils apportent de nombreux bénéfices à l’organisme, y compris le maintien du confort digestif et la régulation du système immunitaire. Les probiotiques contribuent en outre à l’équilibre du microbiote intestinal lorsque celui-ci a été soumis à une alimentation pauvre, des infections, des traitements antibiotiques ou autres facteurs externes tels que le stress.

De nombreux probiotiques proviennent de bactéries traditionnellement utilisées pour la fermentation des aliments. Actuellement, un grand nombre d’essais cliniques sur les probiotiques ont été menés. Les probiotiques les plus couramment étudiés appartiennent à deux genres : Lactobacillus et Bifidobacterium, mais d’autres microorganismes, dont Enterocoques et Streptocoques, ont aussi été analysés.

Ces études ont prouvé que, par le biais de différents mécanismes, certaines de ces espèces bactériennes contribuaient à maintenir une bonne santé digestive, raison pour laquelle les experts se sont accordés à les considérer comme des probiotiques. Certaines de ces espèces bactériennes se retrouvent également dans différents aliments (yaourts ou laits fermentés) ou des compléments alimentaires.


Le meilleur régime alimentaire pour le microbiote intestinal


Selon une étude publiée dans la revue International Journal of Molecular Sciences, la diète méditerranée, considérée comme un des modèles alimentaires les plus sains, peut conduire à une réduction de l’incidence des principales maladies, telles que les cancers, les maladies cardiovasculaires, diabète type 2, les maladies neuro-dégénératives ou les allergies. Et cette action pourrait avoir lieu par l’intermédiaire de la flore intestinale, parce que les habitudes alimentaires sont les principaux déterminants de la diversité microbienne de l’intestin. L’étude souligne que les composantes du régime méditerranéen influent sur les populations microbiennes et leurs activités métaboliques dès les premiers stades de la vie.

Une alimentation riche en aliments végétaux, y compris le café, thé, chocolat noir et vin rouge en quantité modérée, sont bénéfiques pour les microorganismes qui vivent dans le tube digestif et qui sont essentiels pour la bonne santé du corps humain.

Le café est une source importante d’antioxydants phénoliques aux propriétés anti-inflammatoires. Les composés phénoliques sont métabolisés par le microbiote intestinal et les composés dérivés de ce processus peuvent influencer la composition de la microflore. Le même phénomène pourrait expliquer les effets positifs du chocolat, thé, vin rouge et bière sur le microbiote, car ils contiennent tous des composés phénoliques.

En revanche, une alimentation riche en sucres et en graisses saturées est nocive pour le microbiote intestinal, ce qui augmente le risque pour un large éventail de maladies, y compris les crises cardiaques et certains cancers.

Limiter les aliments gras

Des chercheurs ont démontré que des souris nourries avec une grande quantité de graisses (45 à 60% de l’apport énergétique total) ont eu une importante modification de la composition de leur flore intestinale. Ces souris ont également présenté une inflammation de l’intestin et une augmentation du nombre d’adipocytes (cellules dans lesquelles les graisses sont stockées). La relation entre le changement du microbiote et ces effets est indéniable mais le mécanisme reste encore un mystère : en comprenant ce phénomène, les scientifiques espèrent trouver un traitement efficace contre l’obésité.

Le gluten

Le rôle du gluten dans le déséquilibre de la flore intestinale continue de faire polémique. Le gluten peut être responsable d’une irritation de la muqueuse intestinale, il peut également la rendre poreuse augmentant ainsi les risques de développer des maladies auto-immunes. Lorsque cette protéine du blé entre dans notre corps des “trous” se produisent dans l’intestin et des molécules qui ne devraient pas atteindre la circulation sanguine le font, élevant les niveaux d’inflammation dans le corps.

L’intolérance au gluten – avec ou sans la maladie coeliaque – augmente la production de Cytokines inflammatoires, lesquelles sont déterminantes dans les maladies neuro-dégénératives. Tous les êtres humains ont, dans un plus ou moins large degré, un degré d’intolérance au gluten et, par conséquent, un régime sans gluten pourrait faire pencher la balance vers un écosystème intestinal sain.

Éliminer le sucre raffiné

Limiter la consommation de sucre industriel raffiné mais aussi d’édulcorants chimiques. Ceux-ci déséquilibrent la flore intestinale au profit de champignons nocifs (levures) du genre Candida Albican.

Une alimentation riche en sucres jette les bases d’une microflore enflammée. Les régimes riches en sucres et pauvres en fibres se nourrissent de bactéries nocives et augmentent les risques de perméabilité intestinale, lésions mitochondriales, effets immunologiques et inflammation généralisée.

Les pics de sucre dans le sang favorisent la sécrétion d’insuline. Cette hormone anabolisante favorise la croissance cellulaire, la formation et rétention des graisses et l’augmentation de l’inflammation.

Un régime alimentaire qui maintient la glycémie équilibrée maintient également l’équilibre bactérien dans l’intestin.

L’excès d’aliments riches en sucres et en gras saturés est associé à un microbiote intestinal malsain. Les gens habitués à boire du lait entier tendent à avoir un microbiote peu diversifié.

Dans le cas des hydrates de carbone, il a été observé que les gens qui prennent fréquemment des boissons gazeuses à forte teneur en sucre ont tendance à avoir une faible diversité de bactéries dans le tube digestif.

D’autre part, quatorze médicaments différents sont associés à des altérations du microbiote. En tête de liste, les antibiotiques qui attaquent les bactéries et modifient l’écosystème de l’intestin.

Compte tenu que le microbiote intestinal affecte non seulement la digestion mais également la santé en général, le système immunitaire et même le fonctionnement du cerveau, l’alimentation est un enjeu important pour maintenir la bonne santé de l’intestin et, par conséquent, la santé intégrale.

L’occidentalisation nous a apporté de bonnes choses, mais aussi un certain nombre d’inconvénients notables. Une hygiène excessive, l’abus d’antibiotiques, le stress, la pollution, la sédentarité, la mauvaise alimentation, les naissances par césarienne, l’allaitement artificiel et le manque de contact avec la nature sont, entre autres, quelques-uns des facteurs qui ont le plus d’impact sur la composition du microbiote et, donc, sur la santé.


nous sommes ce que nous mangeons”

Il est clair que “nous ne sommes pas seulement des cellules”. Nous sommes accompagnés par des milliards de minuscules organismes, imperceptibles pour le œil humain, ou vu en d’autres termes, nous sommes ceux qui les accompagnent ; n’oublions pas qu’ils sont venus en premiers. Entre les deux une relation étroite, persistante et nécessaire est établie dont nous sommes tous bénéficiaires. Cet ensemble de micro-organismes – le microbiote – joue un rôle déterminant sur la santé, en modulant des fonctions d’une importance vitale dans le corps.


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