Plus la diversité bactérienne est importante plus saine est une personne, c'est-à-dire
plus grand est le nombre d’espèces
bactériennes abrité par le tractus intestinal, le mieux c’est.
Nous avons 10 fois plus de microbes que de cellules dans notre corps. Ce sont des milliards d’êtres vivants qui ont vécu avec notre corps au long de l’évolution et qui sont fondamentaux pour la vie et la santé. En fait, il n’y a pas moyen pour les humains à vivre sainement si ce n’est pas en symbiose avec des bactéries bénéfiques. Cet équilibre est appelé eubiotique.
Plus de 40 milles espèces différentes de
bactéries y habitent, regroupés principalement dans deux genres : des Firmicutes
et des Bacteroidetes.
Le terme microbiome désigne le nombre total
de micro-organismes et de leur matériel génétique et il est utilisé par
opposition au terme microbiote, c'est-à-dire la population microbienne présente
dans les différents écosystèmes du corps.
Microbiome
Microbiote
Microbiote ou flore intestinale est
l’ensemble des bactéries qui vit sur une base régulière dans l’intestin des
humains et de nombreux animaux, en gardant une relation symbiotique tant de type
commensal comme de mutualisme. La majorité de ce groupe de bactéries n’est pas
nocive pour la santé, et beaucoup sont bénéfiques en participant dans de
nombreux processus physiologiques.
Le consensus
international de scientifiques préfère s'en tenir au terme de microbiote
intestinal: micro au sens microscopique, et bios signifiant vie.
Le microbiote intestinal est principalement
localisé dans l'intestin grêle et le côlon – l'acidité gastrique rendant la
paroi de l'estomac quasi stérile. Il est réparti entre la lumière du tube
digestif et le biofilm protecteur que forme le mucus intestinal sur sa paroi
intérieure (l’épithélium intestinal).
Le rôle du microbiote intestinal est de mieux en mieux connu. On sait désormais qu'il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. En conséquence, la dysbiose, c'est-à-dire l'altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale, est une piste sérieuse pour comprendre l'origine de certaines maladies, notamment celles sous-tendues par des mécanismes auto-immuns ou inflammatoires. Cette thématique est devenue centrale pour la recherche biologique et médicale.
Les virus bactériens (qui infectent les
bactéries) sont aussi très nombreux au sein du microbiote. Ils peuvent modifier
le patrimoine génétique des bactéries intestinales ou son expression. Ainsi, le
virome constitue sans doute une autre pièce dans le puzzle de la
physiopathologie propre à la flore intestinale, tout comme le microbiote
fongique qui regroupe levures et champignons.
La disparition des espèces à la suite d’une
alimentation inadéquate ou des médicaments ou des modifications dans la
composition du microbiote intestinal, peuvent provoquer de nombreux troubles
pour l’individu, telles que la colite ulcéreuse, le syndrome du côlon
irritable, des troubles nutritionnels, carence en vitamines, etc. Par
conséquent, le maintien d’une bonne alimentation, sans éléments toxiques est une
des conditions qui permet l’équilibre des nombreuses fonctions du corps.
Fonctions du microbiote
Le microbiote intestinal assure son propre
métabolisme en puisant dans nos aliments (notamment parmi les fibres
alimentaires). Dans le même temps, ses micro-organismes ont de importantes
fonctions :
* Synthèse de
vitamines du groupe B, de
vitamine K.
* Protection
contre la colonisation du tube digestif par des microbes pathogènes : c’est “l’effet barrière”. Le microbiote
peut aussi dégrader des toxines.
* Développement et
maturation du système immunitaire. Le système immunitaire intestinal abrite 60 à 70% de nos cellules
immunitaires. Le microbiote est essentiel à la mise en place puis au
fonctionnement de l’immunité intestinale mais aussi générale.
* Physiologie intestinale
et métabolisme. Sans microbiote,
la physiologie du tube digestif n’atteint pas sa maturité. Récemment il a été
montré qu’il intervient dans l’absorption des glucides et des lipides, dans le
stockage des graisses, dans la régulation de l’appétit...
* Production de
substances actives sur le cerveau. Le microbiote produit les mêmes neuromédiateurs que le cerveau ; il est
impliqué dans le dialogue cerveau-intestin.
Pour une fonction intestinale normale, il est
essentiel que les différents genres qui composent le microbiote intestinal –
Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus, Clostridium Faecalibacterium etc.
– se trouvent dans une certaine quantité, proportion et équilibre dynamique.
Un déséquilibre qualitatif et/ou quantitatif
des micro-organismes intégrant le microbiote saprophyte normal, génère une
dysbiose intestinale, donnant lieu à des dysfonctionnements.
Un écosystème unique formé dès la naissance
Le
placenta. On a récemment découvert la présence d’un microbiome dans le
placenta, cet organe qui assure la nutrition du fœtus pendant la grossesse. On
croyait jusqu’à présent qu’en situation normale, les tissus qui le composent
étaient stériles, totalement indemnes de colonisation bactérienne. Si on y
trouvait des bactéries après la délivrance (expulsion du placenta après
l’accouchement) c’est parce qu’il avait été contaminé lors du passage par la
cavité vaginale de la maman, pensait-on. La plupart d’entre elles sont des
bactéries typiques de l’intestin. Elles sont loin d’être toutes dangereuses et
certaines fabriquent même des vitamines.
*
*
Recherche
La présence de micro-organismes dans
l'intestin est connue depuis plus d'un siècle et on a vite présupposé qu'il
existait une véritable symbiose entre notre organisme et cette flore. Mais, jusque récemment, les
moyens techniques permettant d’étudier les détails de cette interaction étaient
limités : seule une minorité d'espèces bactériennes du microbiote pouvait
être cultivée in vitro. La mise au point des techniques de séquençage
haut débit du matériel génétique ont donné un nouvel élan à cette recherche et
il existe aujourd’hui un réel engouement de la recherche pour décrire la nature
des interactions hôte-microbiote, celles des micro-organismes entre eux, et
leur incidence en matière de santé.
Les nouvelles connaissances sur la relation
bidirectionnelle entre le microbiote intestinal et le cerveau, appelée “l’axe
microbiote-intestin-cerveau”, ont commencé à décortiquer les mécanismes de
cette relation entre les processus infectieux et les maladies neuro-dégénératives
du système nerveux central. Comme c’est le cas avec la maladie de Parkinson,
l’autisme et la maladie d’Alzheimer, entre autres, cette relation a déjà des
répercussions dans leur diagnostic et leur traitement.
Découverte
d’une relation directe entre la flore intestinale et la santé mentale
Des chercheurs de l’Université de Saragosse
(Espagne) et Exeter (Royaume-Uni), selon une étude publiée dans la revue
scientifique Plos One en janvier
2017, ont découvert que l’utilisation d’antibiotiques contribue à la
dépression.
Le recherches, menées avec des cellules et vérifiées
sur des souris, ont montré comment l’activation de la protéine TLR2, un type de
cellule réceptrice du système immunitaire qui tient compte des changements dans
la quantité et la qualité de la flore intestinale, module le transport de la
sérotonine, un des mécanismes essentiels dans les maladies neurologiques et
inflammatoires de l’intestin.
La découverte par ce groupe de chercheurs s’est
produite à un moment où les scientifiques du monde entier étudient les
interactions complexes entre le “monde invisible” du microbiote dans le corps
humain et l’impact qu’elles ont sur notre santé et même sur notre état
d’esprit.
Le
microbiote intestinal aurait une influence dans le développement de l’Alzheimer
Des chercheurs de l’Université de Chicago dans
une étude publiée dans Scientific Reports
en juillet 2016, suggèrent que la composition et la diversité des bactéries
dans l’intestin jouent un rôle important dans la régulation de l’activité du
système immunitaire qui influe sur la progression de la maladie d’Alzheimer. En
modifiant le microbiome intestinal, certains antibiotiques peuvent freiner la
progression de la maladie.
La recherche montre des effets de doses
élevées d’antibiotiques à large spectre, données durant 5 à 6 mois, sur des
souris modèles d’Alzheimer, sur 2 des principales caractéristiques de la
maladie : le développement de plaques et d’agrégats de protéine ß-amyloïde
dans le cerveau, et l’inflammation de la microglie, les cellules du cerveau qui
exécutent des fonctions du système immunitaire dans le système nerveux central.
La gravité de la neuro-inflammation influant sur le taux de déclin cognitif de
la maladie.
Les chercheurs ne proposent pas d’opter pour
un traitement antibiotique qui serait absurde pour toute une série de raisons. Cependant
cette étude pousse à explorer plus loin, la voie de la flore microbienne
intestinale pour mieux gérer les maladies neuro-dégénératives.
Ils doivent trouver des moyens d’intervenir dès que le patient présente les
premiers signes cliniques, et comprendre comment les changements dans les
bactéries intestinales affectent l’apparition ou la progression de la maladie,
afin de développer un nouveau type de médecine personnalisée contre les
démences.
Le
microbiote intestinal lié à Alzheimer
Des chercheurs au Food for Health Science Centre de l’Université Lund et de l’Ecole
Polytechnique Fédérale de Lausanne, selon une étude publiée dans Scientific Reports en février 2017,
apportent la preuve, chez l’animal, que certaines bactéries intestinales
peuvent accélérer le développement de la maladie d’Alzheimer.
Pour préciser le lien entre la flore
intestinale et l’apparition de la maladie, les chercheurs transfèrent des
bactéries intestinales de souris malades vers des souris sans germes et
montrent que les souris greffées développent alors plus de plaques
bêta-amyloïdes dans le cerveau.
Cette étude démontre, pour la première fois
un lien de causalité direct entre les bactéries intestinales et la maladie
d’Alzheimer. Les résultats suggèrent
qu’il existe peut-être des moyens, via le microbiote, de prévenir la maladie ou
de retarder son apparition.
Implication
du microbiote dans la maladie de Parkinson
Des scientifiques du California Institute of Technology évoquent, dans une étude publiée
dans Cell en décembre 2016, que la
maladie de Parkinson peut trouver son origine dans l'intestin en raison des
bactéries qu'il contient et non uniquement dans le cerveau.
Des expériences de transplantation fécale
chez la souris ont pu montrer que des altérations dans le microbiote intestinal
représentaient un facteur de risque pour la maladie de Parkinson. Les symptômes
retrouvés chez les patients semblent être associés à un changement dans la
composition de leur microbiote : des souches bactériennes (Lachnospiraceae,
Rikenellaceae, Peptostreptococcaceae et Butyricicoccus) sont
faiblement présentes chez les patients atteints comparé aux patients sains.
Les souris étaient génétiquement identiques,
les deux groupes produisaient trop d'αSyn. La seule différence était la
présence ou l'absence de microbiome intestinal. Une fois qu'on a retiré le
microbiome, les souris avaient des capacités motrices normales, même avec
la surproduction d'αSyn.
Dans la seconde partie de leur expérience,
les chercheurs ont greffé des échantillons de microbiote de patients atteints de
maladie de Parkinson et de personnes en bonne santé chez deux groupes de
souris exemptes de germes. Ils ont remarqué que les souris qui ont reçu les
premiers échantillons ont commencé à présenter des symptômes de cette
pathologie, contrairement aux souris qui hébergeaient les bactéries
intestinales de personnes en bonne santé.
La maladie de Parkinson est causée par
l’accumulation dans les neurones anormaux de la protéine synucléine-α, ce qui
provoque des effets particulièrement toxiques sur les cellules qui libèrent la
dopamine dans les régions du cerveau contrôlant le mouvement.
Par conséquent, les patients ressentent des
tremblements, rigidité musculaire, lenteur des mouvements et la marche avec des
facultés affaiblies. Les traitements actuels se concentrent sur l’augmentation
des niveaux de dopamine dans le cerveau, mais ces traitements peuvent causer
des effets secondaires graves et souvent perdre l’efficacité au fil du temps.
Si d'autres études doivent être menées sur le
sujet, les chercheurs estiment que le microbiote pourrait être utilisé
comme un biomarqueur pour identifier les patients à risque et faire l'objet
d'une nouvelle approche pour traiter en amont la maladie de Parkinson.
Parkinson
et microbiote : L'alpha-synucléine voyage du cerveau à l’intestin
Des chercheurs du German Center for Neurodegenerative Diseases à Bonn, confirment
dans une étude publiée dans Acta
Neuropathologica en janvier 2017, que l'alpha-synucléine est bien capable
de voyager, dans le sens opposé, soit du cerveau à l'intestin.
L'alpha-synucléine se trouve naturellement dans le système
nerveux, où elle joue un rôle important dans la fonction synaptique. Cependant,
dans la maladie de Parkinson, la démence à corps de Lewy et d'autres maladies
neuro-dégénératives appelées “synucléinopathies”, la protéine s’accumule dans
les neurones et forme des agrégats pathologiques.
L'alpha-synucléine est capable de voyager
assez loin dans le corps, passant d'un neurone à l'autre et en utilisant de
longues fibres nerveuses comme guides. Cependant si elle est bien détectée à
l'extérieur du cerveau, cela ne signifie pas nécessairement que c’est là que la
maladie a commencé, soulignent les chercheurs.
Le second génome de l'homme
Déchiffrer le génome et la fonctionnalité des
bactéries qui se trouvent dans le tractus intestinal permettra d’établir une
flore intestinale “normale”. Une fois que nous sachions ce qui est normal dans
l’intestin, nous pourrons commencer à établir les différences qui existent dans
la flore intestinale chez les individus malades. Nous pourrons développer des
outils génétiques moléculaires permettant de mesurer le nombre de bactéries,
leurs fonctions dans l’intestin et les implications pour la santé et le
développement des maladies, et cela facilitera l’étude de la variation de la
flore intestinale humaine.
Mieux connaitre le microbiote permettrait
d'accroitre nos connaissances sur les mécanismes à l'œuvre dans de nombreuses
pathologies comme l'obésité, maladies inflammations chroniques, etc. Leur compréhension
ouvrirait alors de nouvelles perspectives thérapeutiques.
Projet
sur le Microbiome Humain (HMP)
Elie Metchnikoff a été parmi les premiers
scientifiques à parler du microbiote intestinal (ou flore intestinale) qu'il a
défini comme étant un arrangement intestinal complexe ouvrant sur un lieu de
reproduction de microbes toxiques. Dans un article publié en janvier 1908,
Metchnikoff précisait qu’il était possible de lutter contre la putréfaction qui
se déroule dans ce lieu, notamment par l’alimentation ou l’hygiène et ainsi,
d’augmenter ses chances d'atteindre une vieillesse saine et vigoureuse.
Aujourd'hui, ce qui se passe dans l'intestin représente un domaine florissant
pour la science dans le monde entier.
Les applications du microbiote et microbiome
sont d’un tel intérêt qu’en 2016, selon le Wall
Street Journal, le secteur privé a investi plus de 600 millions dollars
dans des entreprises liées à leur gestion, telles que Human longevity Inc.,
Indigo Agriculture Inc. ou Seres Therapeutics Inc., ce qui représente une
augmentation de 400% par rapport à 2015. Plus important est la mise en
application de toutes les connaissances sur le sujet, qui sont déjà utilisées
pour la planification des missions spatiales qui mèneront l’humanité vers
d’autres planètes potentiellement habitables.
Cartographie microbienne
Nous disposons maintenant
de la plus grande cartographie microbienne qu’il soit. Grâce au HMP
nous savons maintenant que nous n’avons pas besoin d’éliminer toutes les
bactéries de notre organisme, et que bien au contraire, il faut en prendre soin.
Quelque 200 scientifiques et près de 80
centres de recherche ont travaillé de concert, pendant cinq ans, sur ce premier
recensement pour répondre à ces questions en déchiffrant l’ADN de ces microbes,
avec certaines méthodes identiques à celles utilisées pour décoder la génétique
humaine.
Maintenant que les médecins ont cette carte
de ce qui est “normal”, ils veulent commencer à l’utiliser pour étudier ce qui
change quand nous sommes malade, ce qui pourrait conduire à de possibles
traitements.
On peut voir cette carte sur ce lien : Carte interactive du microbiome humain
Infographie
Outre une meilleure compréhension de
l’évolution de l’ensemble des communautés bactériennes qui nous accompagnent
depuis notre naissance, ces dessins nous apportent des informations
intéressantes. Ils nous rappellent, par exemple, que les selles d’un adulte ne
sont pas seulement composées de restes de nourriture, mais aussi et surtout de
biomasse microbienne.
Nous pouvons découvrir cette infographie sur
ce lien : lien
Le
projet MetaHIT (Metagenomics of the human intestinal tract)
Les
chercheurs du projet européen MetaHIT, coordonné par le centre de recherche de
l’INRA de Jouy-en-Josas ont publié en Nature
en mars 2010 le premier séquençage de l’ensemble des gènes des bactéries
hébergées par le tube digestif humain, ou métagénome. Le projet MetaHIT a
accompli son objectif, déchiffrer la caractérisation et la variabilité
génétique de populations microbiennes vivant dans le tube digestif de
l’homme : 10 milliards de bactéries ; 3.300.000 gènes différents
traduits en 20.000 différentes fonctions, dont 5.000 étaient totalement
inconnus jusqu'à présent.
La
première étape, après un an et demi depuis le début de l’étude a consisté à
obtenir une carte microbienne et après ces premiers résultats, 98% de cette
carte sont terminés. Il a également été commencé à déterminer la fonctionnalité
des gènes des bactéries du tractus intestinal.
Cette
étude ouvre la voie à la recherche des différences dans la composition
bactérienne des flores intestinales entre les individus sains et malades. La
connaissance de cette classification des individus va désormais permettre de
constituer des groupes homogènes, en vue des analyses comparatives, notamment sur
les facteurs qui favorisent la survenue d’une obésité, d’un diabète, etc.
*
*
La
neuropsychiatrie sous l'influence de l'axe intestin-cerveau
Le concept d’axe intestin-cerveau datant de la
fin du XIXe siècle et début du XXe siècle, est basé sur des observations de
scientifiques tels que Darwin, Beaumont et Cannon. Récemment, avec la
connaissance de l’importance du microbiote dans la promotion de la santé, l’axe
a été étendue au microbiote-intestin-cerveau.
Le système nerveux qui régit l'intestin
contient à lui seul 200 millions de neurones. Sa fonction première est
d'assurer la motricité intestinale ; cependant, 80% de ces cellules
nerveuses sont afférentes, c'est-à-dire qu'elles véhiculent l'information dans
le sens intestin-cerveau. C'est la raison pour laquelle on qualifie le système
nerveux entérique de deuxième cerveau.
Les chercheurs ont très tôt posé l'hypothèse qu'une modification du microbiote
pouvait modifier l'information transmise au système nerveux central. Plusieurs
expériences cliniques ont été rapportées, comme celle d'une amélioration
significative de symptômes autistiques par un traitement antibiotique. Si la
corrélation semblait improbable il y a quelques années, elle est depuis
considérée avec sérieux.
Chez les personnes atteintes de schizophrénie
ou de troubles bipolaires, l'équilibre entre les différentes cytokines
pro-inflammatoires ou anti-inflammatoires dans le sang est perturbé.
Dernièrement, des études ont suggéré que le
microbiote pouvait avoir un rôle déterminant dans les maladies neuro-dégénératives :
il serait impliqué dans l'inflammation cérébrale de la maladie d'Alzheimer. La
gravité des symptômes parkinsoniens est aussi corrélée à la concentration d'une
espèce particulière (Entérobactericeae). Tous ces différents phénomènes
pourraient être provoqués par des substances d'origine bactérienne
neuro-active.
Comment la flore intestinale impacte notre cerveau
La
neuroscience moderne obtient constamment des éléments de preuve concernant
l’influence d’une bonne nutrition sur les fonctionnalités du système nerveux
central (CNS). Des maladies comme la schizophrénie, la dépression, l’anxiété, les
troubles du spectre autistique dépendent de plusieurs facteurs génétiques et
environnementaux. Les bactéries du tractus gastro-intestinal représentent un de
ces facteurs.
La
communication biochimique par l’intermédiaire de l’axe intestin-cerveau peut se
résumer, à peu près dans le cycle suivant : la population microbienne de
l’intestin produit et libère des substances chimiques (neurotransmetteurs, des
acides gras à chaîne courte, du tryptophane, etc.) qui agissent au niveau du
cerveau.
Thérapeutique
Les scientifiques soulignent l’importance de
la microflore dans la régulation de certains processus du cerveau. De là, il
semble très important de prendre soin de l’alimentation, car les aliments
ingérés ont un effet direct sur la santé et la composition de notre flore
intestinale.
Les perspectives thérapeutiques sont
nombreuses : des études préliminaires ont montré que l'administration de
certains probiotiques permettait d'améliorer les symptômes d'anxiété ou de
dépression chez des personnes malades comme chez des personnes saines ;
d'autres ont montré que l'adaptation du régime alimentaire pouvait améliorer le
déclin cognitif. Ces pistes restent pour l'heure extrêmement précoces et
demandent à être confirmées.
Les maladies déclenchées ou entretenues par
une dysbiose pourraient être soignées par six moyens thérapeutiques
différents :
* Un traitement antibiotique ciblant les
espèces néfastes impliquées dans la physiopathologie de la maladie. Cette
option ne peut cependant être envisagée comme un traitement chronique du fait
de la pression de sélection qu'elle peut engendrer ; elle pourrait aussi
induire de nouvelles pathologies.
* L'apport par voie orale de probiotiques,
des micro-organismes vivants, non pathogènes et démontrés comme bénéfiques pour
la flore intestinale.
* L'apport de prébiotiques, des composants
alimentaires non digestibles, utiles à la croissance ou l'activité de certaines
populations bactériennes intestinales.
* Les symbiotiques, qui combinent pré et
probiotiques.
* La transplantation fécale, qui consiste à
administrer une suspension bactérienne préparée à partir des selles d’un
individu sain par sonde nasogastrique ou par lavement. Elle permet d'implanter
un microbiote normal chez un patient malade.
La composition du microbiote intestinal
affecte la santé des nourrissons
Le
microbiote présent dans le lait maternel protège le bébé contre diverses
maladies.
Pendant
longtemps le lait maternel était considéré stérile – libre des micro-organismes
–. Mais des études ultérieures ont montré qu'il contient beaucoup de bactéries.
Un bébé qui prend environ 800 millilitres de lait par jour consomme entre cent
mille et dix millions de bactéries. Celles-ci aident à protéger le bébé contre
les infections et favorisent le développement de son système immunitaire.
L’exposition des nourrissons à ces microorganismes diminue le risque de
développer des maladies comme la diarrhée, les maladies respiratoires et
métaboliques (diabète, obésité...).
Le
lait maternel contient différents types de bactéries qui agissent comme
probiotiques et exercent un effet anti-infectieux, anti-inflammatoire,
immuno-modulateur et métabolique sur le bébé. Les études portent spécifiquement
sur l’asthme et la dermatite atopique ; les bactéries du lait maternel
améliorent et même préviennent ces maladies.
Le rôle essentiel du microbiote intestinal du nouveau-né
Le microbiote intestinal commence à se
développer dès la naissance par la respiration, le contact physique avec
l’entourage, l’allaitement puis l’alimentation, etc. Des microbiotes maternels
(vaginal, intestinal, cutané) aux micro-organismes de l’environnement, l’enfant
compose progressivement un microbiote diversifié qui atteint sa forme adulte
vers l’âge de 2 à 3 ans.
Bien que le tube digestif soit généralement
considéré comme étant stérile à la naissance, de récentes études scientifiques
ont suggéré que le tube digestif de l’enfant serait colonisé par des
micro-organismes présents dans l’environnement intra-utérin. Ce phénomène est
appelé “colonisation prénatale”.
Les
causes qui affectent la flore intestinale
La
consommation d'antibiotiques
Les antibiotiques provoquent une diminution de la biodiversité de la flore en agissant sur les bactéries, les enzymes et les molécules qui le composent. Pendant le traitement avec des antibiotiques et après avoir terminé, les bactéries qui composent la flore intestinale voient modifiées leurs profils métaboliques, conduisant à assimiler moins de fer et produire moins des molécules essentielles. Bien que le pouvoir de modifier la flore dans un plus ou moindre degré dépend du type d’antibiotiques, ainsi que de la durée du traitement et la voie d'administration.
Les
mauvaises habitudes alimentaires
Nos mauvaises habitudes alimentaires affectent également la flore intestinale si nous mangeons beaucoup de fast-food et abusons d’aliments transformés et raffinés, avec des protéines, sucres et graisses animales en excès, et si nous maintenons un déficit important des produits végétaux frais. Si en plus, nous abusons des boissons gazeuses.
Manque
de fibres dans l'alimentation
Une autre cause qui affecte la flore intestinale est le manque de fibres dans notre alimentation parce que nous ne consommons pas assez de fibres alimentaires telles que les légumes, légumineuses, fruits, céréales et fruits secs. La fibre a une caractéristique prébiotique et maintient l’équilibre de micro-organismes bénéfiques dans nos intestins tandis qu'une mauvaise alimentation provoque des problèmes de transit intestinal.
Le
stress et les problèmes émotionnels
Le stress de la vie quotidienne devient une autre cause qui affecte la flore intestinale, car il modifie la relation entre les bactéries et la muqueuse intestinale et aggrave les affections liées au système digestif telles que la gastrite. Par conséquent, il est essentiel de ne pas manger debout ou trop vite et essayer de se détendre.
Le
manque d'exercice
Le manque d'exercice physique affecte la flore intestinale. Nous oublions que la pratique de l'exercice physique sur une base régulière est un allié pour la qualité de notre flore intestinale. Ce serait assez 30 minutes d’exercice par jour pour favoriser le bon fonctionnement de notre flore intestinale.
Les
conséquences d’un déséquilibre de la flore intestinale
Flore
intestinale, stress et dépression
Les chercheurs se penchent aujourd’hui sur les liens possibles entre un déséquilibre de la flore intestinale ou dysbiose et certains troubles psychiques comme le stress ou la dépression.
Des
modifications de la composition du microbiote intestinal ont également été
découvertes chez des rongeurs présentant un comportement de type dépressif.
Par
ailleurs, des études pilotes comparant les microbiotes intestinaux d’enfants souffrant d’un trouble de spectre
autistique à ceux d’enfants témoins rapportent des différences notables
d’un point de vue bactériologique.
Ces
résultats ouvrent la porte à de nouveaux outils de diagnostic pour identifier
l’autisme mais restent
préliminaires et nécessitent d’être confirmés.
Flore
intestinale et maladies neuro-dégénératives
Une
étude récente démontre une altération morphologique de la barrière épithéliale
intestinale (et une potentielle dysbiose chez les patients atteints de la maladie de Parkinson.
En
ce qui concerne la maladie d’Alzheimer,
une étude démontre que des bactéries du microbiote intestinal ont la capacité
de produire en quantité notable des peptides amyloïdes biologiquement
similaires à ceux retrouvés dans le système nerveux central des malades.
Face
à ces processus pathologiques connus, les chercheurs pensent aujourd’hui que
d’autres mécanismes peuvent exister. Selon eux, la flore intestinale, composée
de bactéries et autres microorganismes tapissant naturellement les organes de
notre tube digestif, pourraient avoir un rôle non négligeable dans le
développement des maladies neuro-dégénératives. Si la théorie sur l’influence
de la flore intestinale ou microbiote s’avère vraie, on peut alors imaginer que
l’inflammation se développe avant le dépôt des protéines neurotoxiques et que
c’est le facteur qui le déclenche, et non la réaction du cerveau face à ces
protéines néfastes. Nous disposons désormais d’assez d’évidences montrant par
exemple que dans une autre maladie neuro-dégénérative, la maladie de Parkinson,
une altération dans le tube digestif est le premier facteur qui peut mener à la
neuro-dégénérescence.
L’influence de l’alimentation sur le
microbiote intestinal
La
nourriture que nous consommons joue un rôle essentiel dans le maintien de la
diversité et du fonctionnement correct de notre microbiote intestinal.
Le
dicton “nous sommes ce que nous mangeons” peut parfaitement
s’appliquer au microbiote intestinal, étant donné que ce que nous consommons
nourrit également les quelque cent-mille-milliards de bactéries logées dans
notre système digestif. De ce fait, une alimentation
variée et équilibrée s’avère essentielle.
Si vous vous nourrissez bien, votre
intestin sera capable de fabriquer
lui-même ses médicaments naturels comme le butyrate et l'acétate qui
favorisent le développement des fonctions immunitaires, le propionate qui aide
les poumons à lutter contre les inflammations liées aux allergies, et l’indole
qui, associé à l'acétate, le butyrate et le propionate permettent de réguler la
faim et donc le poids. Un microbiote équilibré va même libérer les fameux
polyphénols si importants pour lutter contre l'oxydation.
Les prébiotiques et les probiotiques sont
deux des éléments les plus étudiés dans le domaine du microbiote intestinal.
Ces deux substances sont réputées pour leurs effets bénéfiques sur le
microbiote intestinal qui, à son tour, influence diverses fonctions de
l’organisme telles que la digestion, ce qui explique que les spécialistes soulignent l’importance
d’inclure autant les uns que les autres dans notre régime alimentaire,
afin de promouvoir un microbiote sain.
On
pourrait dire que le probiotique apporte la vie – bactéries viables – et le
prébiotique assure la viabilité – nourrit les bactéries assurant leur survie –.
Prébiotiques
Les
prébiotiques peuvent se trouver naturellement présents dans la nourriture ou y
être rajoutés (produits fonctionnels). Ils sont présents de manière naturelle
dans certains fruits et légumes. D’où leur importance pour une alimentation
équilibrée.
Comme
dans de nombreux autres domaines, l’équilibre
et la variété sont deux facteurs clés au moment de consommer des produits
prébiotiques. En effet, bien qu’une alimentation riche en fibre apporte
de nombreux bénéfices aux bactéries intestinales, un excès de fibre pourrait
néanmoins conduire à des gênes et des ballonnements intestinaux chez certaines
personnes.
Les éléments prébiotiques dont nous avons
besoin
Les amidons résistants
Ce sont des sucres complexes constitués de longues chaînes de glucose qui ne sont pas digérés dans l'intestin grêle, et qui arrivent intacts dans le colon constituant une bonne nourriture pour nos bactéries intestinales.
* On
les trouve dans les céréales complètes
: avoine, orge, riz, millet, sarrasin.
* Dans
les légumineuses : pois,
lentilles, pois chiches, haricots.
* Dans les tubercules comme les
pommes de terre.
* Dans les fruits comme la banane.
* Dans les fruits à coques comme
la châtaigne.
Ces
amidons résistants permettent d'améliorer la sensibilité à l'insuline et
contribuent à la perte de poids. Ce sont des coupe-faim naturels et ils nous protégeraient du risque de cancer colo-rectal.
Les fructanes
Ce sont des sucres lents complexes appelés fructo-oligosaccharides et les polysaccharides (inuline). Ils nous protégeraient du diabète en augmentant les bifido-bactéries qui permettent une meilleure tolérance au sucre, et un meilleur système immunitaire. Ils renforceraient l'étanchéité de notre paroi intestinale, réduiraient l'inflammation chronique et nous protégeraient également du risque de cancer colo-rectal.
* On
les trouve dans les légumes tels que les asperges, les poireaux,
les salsifis, les artichauts, l’ail, l'oignon.
* Dans les tubercules comme les topinambours.
* Dans la chicorée.
* Dans les fruits comme la banane, kaki, melon.
* Dans les céréales complètes comme le seigle, le blé et l’orge.
Les Béta-glucanes
C'est un sucre complexe constitué d’une longue chaine de glucose qui vous évite de sombrer dans le risque de l'insulino-résistance et le diabète et que l'on trouve essentiellement dans les parois des céréales comme l'avoine, l'orge, le sorgho et le seigle. Le béta-glucane nourrit le microbiote, fait baisser le cholestérol, diminue le sucre sanguin, diminue l'appétit et améliore la santé intestinale.
Les fibres
Elles sont indispensables pour la santé de notre intestin et pourtant elles ne peuvent être ni digérées ni absorbées par l'intestin grêle.
Il y a deux types de fibres : les solubles et
les insolubles
Parmi les fibres solubles, qui se dissolvent dans l'eau, on trouve la pectine de la pomme, la gomme des haricots et des céréales et le bêta-glucane de l'avoine.
Parmi
les fibres insolubles, on trouve
la cellulose dans les légumes, les haricots etc.
* Les légumes comme les poireaux, les épinards,
les choux, les carottes, les betteraves
* Les légumineuses comme les haricots,
les lentilles, les fèves, les pois chiches, etc.
* Les fruits comme la framboise, pomme, poire.
* Les céréales complètes comme
l'orge, l'avoine, et le seigle.
* Les fruits séchés comme la figue,
les pruneaux, les raisins secs.
* Les fruits à coques comme les
amandes, les noix, les noisettes, les graines de lin, etc.
* Les légumes à tubercules comme des topinambours
et les pommes de terre.
Les
fibres améliorent le transit intestinal,
peuvent prévenir les maladies comme la diverticulose qui touche 30% des plus de
60 et 50% des plus de 70 ans. Elles protégeraient
des maladies cardio-vasculaires, préviendraient les risques de diabète et de cancer colo-rectal.
Les polyphénols
Les polyphénols que l'on trouve dans de nombreux aliments naturels comme les fruits, les fruits à coques, les épices, les herbes, les aromates mais aussi les légumes, les légumineuses, les céréales complètes, le chocolat, contribuent à maintenir notre microbiote équilibré. C'est l'antioxydant haut-de-gamme par excellence. Ils luttent contre l'inflammation chronique, contre les infections, ils préviennent des risques cardio-vasculaires, entretiennent la santé de nos artères, nous protègent contre le diabète et l'insulino-résistance, et nous permettent de rester jeune plus longtemps.
Probiotiques
Au
cours de leur progression dans le système digestif, ces microorganismes
résistent partiellement au processus de la digestion. Ils apportent de nombreux bénéfices à
l’organisme, y compris le maintien du confort digestif et la régulation du
système immunitaire. Les probiotiques
contribuent en outre à l’équilibre du microbiote intestinal lorsque
celui-ci a été soumis à une alimentation pauvre, des infections, des
traitements antibiotiques ou autres facteurs externes tels que le stress.
Ces
études ont prouvé que, par le biais de
différents mécanismes, certaines de ces espèces bactériennes contribuaient à
maintenir une bonne santé digestive, raison pour laquelle les experts se
sont accordés à les considérer comme des probiotiques. Certaines de ces espèces
bactériennes se retrouvent également dans différents aliments (yaourts ou laits
fermentés) ou des compléments alimentaires.
Le meilleur régime alimentaire pour le microbiote intestinal
Selon
une étude publiée dans la revue International
Journal of Molecular Sciences, la diète méditerranée, considérée comme un
des modèles alimentaires les plus sains, peut conduire à une réduction de
l’incidence des principales maladies, telles que les cancers, les maladies
cardiovasculaires, diabète type 2, les maladies neuro-dégénératives ou les
allergies. Et cette action pourrait avoir lieu par l’intermédiaire de la flore
intestinale, parce que les habitudes alimentaires sont les principaux
déterminants de la diversité microbienne de l’intestin. L’étude souligne que
les composantes du régime méditerranéen influent sur les populations
microbiennes et leurs activités métaboliques dès les premiers stades de la vie.
Le
café est une source importante d’antioxydants phénoliques aux propriétés
anti-inflammatoires. Les composés phénoliques sont métabolisés par le
microbiote intestinal et les composés dérivés de ce processus peuvent
influencer la composition de la microflore. Le même phénomène pourrait
expliquer les effets positifs du chocolat, thé, vin rouge et bière sur le
microbiote, car ils contiennent tous des composés phénoliques.
En
revanche, une alimentation riche en sucres et en graisses saturées est nocive
pour le microbiote intestinal, ce qui augmente le risque pour un large éventail
de maladies, y compris les crises cardiaques et certains cancers.
Limiter
les aliments gras
Des chercheurs ont démontré que des souris nourries avec une grande quantité de graisses (45 à 60% de l’apport énergétique total) ont eu une importante modification de la composition de leur flore intestinale. Ces souris ont également présenté une inflammation de l’intestin et une augmentation du nombre d’adipocytes (cellules dans lesquelles les graisses sont stockées). La relation entre le changement du microbiote et ces effets est indéniable mais le mécanisme reste encore un mystère : en comprenant ce phénomène, les scientifiques espèrent trouver un traitement efficace contre l’obésité.
Le
gluten
Le rôle du gluten dans le déséquilibre de la flore intestinale continue de faire polémique. Le gluten peut être responsable d’une irritation de la muqueuse intestinale, il peut également la rendre poreuse augmentant ainsi les risques de développer des maladies auto-immunes. Lorsque cette protéine du blé entre dans notre corps des “trous” se produisent dans l’intestin et des molécules qui ne devraient pas atteindre la circulation sanguine le font, élevant les niveaux d’inflammation dans le corps.
L’intolérance
au gluten – avec ou sans la maladie coeliaque – augmente la production de
Cytokines inflammatoires, lesquelles sont déterminantes dans les maladies neuro-dégénératives.
Tous les êtres humains ont, dans un plus ou moins large degré, un degré
d’intolérance au gluten et, par conséquent, un régime sans gluten pourrait
faire pencher la balance vers un écosystème intestinal sain.
Éliminer
le sucre raffiné
Limiter la consommation de sucre industriel raffiné mais aussi d’édulcorants chimiques. Ceux-ci déséquilibrent la flore intestinale au profit de champignons nocifs (levures) du genre Candida Albican.
Une alimentation riche en sucres jette les
bases d’une microflore enflammée. Les régimes riches en sucres et pauvres en
fibres se nourrissent de bactéries nocives et augmentent les risques de
perméabilité intestinale, lésions mitochondriales, effets immunologiques et inflammation
généralisée.
Un
régime alimentaire qui maintient la glycémie équilibrée maintient également
l’équilibre bactérien dans l’intestin.
L’excès
d’aliments riches en sucres et en gras saturés est associé à un microbiote
intestinal malsain. Les gens habitués à boire du lait entier tendent à avoir un
microbiote peu diversifié.
Dans
le cas des hydrates de carbone, il a été observé que les gens qui prennent
fréquemment des boissons gazeuses à forte teneur en sucre ont tendance à avoir une
faible diversité de bactéries dans le tube digestif.
D’autre
part, quatorze médicaments différents sont associés à des altérations du microbiote.
En tête de liste, les antibiotiques qui attaquent les bactéries et modifient
l’écosystème de l’intestin.
L’occidentalisation
nous a apporté de bonnes choses, mais aussi un certain nombre d’inconvénients
notables. Une hygiène excessive, l’abus d’antibiotiques, le stress, la pollution,
la sédentarité, la mauvaise alimentation, les naissances par césarienne,
l’allaitement artificiel et le manque de contact avec la nature sont, entre
autres, quelques-uns des facteurs qui ont le plus d’impact sur la composition du
microbiote et, donc, sur la santé.
“nous sommes ce que nous mangeons”
Il est clair que “nous ne sommes pas seulement des cellules”. Nous sommes accompagnés par des milliards de minuscules organismes, imperceptibles pour le œil humain, ou vu en d’autres termes, nous sommes ceux qui les accompagnent ; n’oublions pas qu’ils sont venus en premiers. Entre les deux une relation étroite, persistante et nécessaire est établie dont nous sommes tous bénéficiaires. Cet ensemble de micro-organismes – le microbiote – joue un rôle déterminant sur la santé, en modulant des fonctions d’une importance vitale dans le corps.
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